L'occupazione spagnola del Finale, a partire dal 1602, portò ad un radicale cambiamento del paesaggio con la costruzione di grandi e moderne fortificazioni destinate a trasformare in una potente piazzaforte l'antico marchesato, incuneato tra i domini della Repubblica di Genova.
Sulla dorsale della collina del Becchignolo, sovrastante Finalborgo, fu eretto Castel San Giovanni, posto a controllo dell'abitato e delle strade di collegamento con le valli del Bormida e le Langhe.
Nel tratto di cinta che si spingeva lungo la pendice occidentale dell'altura si apriva la porta Mezzalama, attraverso la quale passava la strada costruita nel 1666 dall'ingegnere Gaspare Beretta per collegare il Finale al Ducato di Milano.
I lavori della nuova fortificazione furono diretti tra il 1640 e il 1644 da Ferdinando Glazar, originario della Carinzia, al servizio degli Spagnoli nel Finale. Essa inglobò la preesistente torre medievale di raccordo delle mura, riconoscibile nel corpo centrale ottagonale, circondato dalle cortine della fortezza spagnola.
La fortificazione, oggetto tra il 1674 e 1678 di ulteriori interventi diretti dal Beretta, si adattava al profilo irregolare dell'altura con un perimetro spezzato articolato su bastioni.
Il fronte sud, dominante il Borgo con un'ampia vista fino al mare, è impostato su due possenti baluardi a tenaglia con speroni fortemente scarpati, sormontati da garitte angolari.
L'ingresso, in diretto rapporto con la strada per Perti, è protetto da un sistema di rivellini, più bassi rispetto alle cortine della fortezza. Di esso restano l'originario sistema di difesa con mensole pensili e gli elementi del ponte levatoio su uno stretto fossato, che immetteva direttamente in un corpo di fabbrica ad impianto quadrato.
Dopo il 1713, la Repubblica di Genova ridimensionò la fortezza demolendo le strutture settentrionali.
Nel 1822 fu trasformato in penitenziario e, dopo un lungo periodo di abbandono, fu oggetto tra il 1985 ed il 1991 di un radicale restauro.