Tra il 1372 e il 1375, circa due secoli dopo la fondazione dell'abitato, la comunità del Borgo deliberò la costruzione di una nuova chiesa all'interno della cerchia muraria, addossata alle mura orientali. La nuova parrocchiale ereditò il titolo e sostituì l'originaria chiesa di San Biagio extra muros, posta sulla sponda opposta del torrente Aquila, già dedicata al vescovo-medico di Sebaste, in Anatolia, venerato per le sue virtù guaritrici. La chiesa medievale era suddivisa in tre navate coperte da un tetto in legno. Le cappelle absidali e quelle aperte sul fianco destro tra il XV e il XVI secolo erano invece coperte da volte. Nel 1634 il consiglio generale del Borgo decise la radicale ricostruzione della chiesa, che sostituì quella medievale corrispondente alle prime tre navate dell'edificio attuale. La grandiosa costruzione barocca, progettata dall'architetto finalese Andrea Storace e, dopo la morte di costui nel 1650, proseguita dal suo aiuto Antonio Sanguineto, fu terminata "al grezzo" nel dicembre 1659 e consacrata solo nel 1690, tra grandi difficoltà economiche e tassazioni imposte ai fedeli. La facciata, divisa in tre parti e rimasta incompiuta, da un punto di vista stilistico è ancora inserita in un clima architettonico di tradizione cinquecentesca, lontano dalle tendenza artistiche che animavano le fabbriche barocche contemporanee. L'interno della chiesa è impostato su un impianto tradizionale in tre navate ripartite da massicci pilastri, con un profondo presbiterio, ossia la parte della chiesa riservata al clero officiante e che contiene l'altare. La copertura della navata centrale è basata su un'unica ampia volta a botte, mentre gli spazi delle navate laterali sono caratterizzati da volte a vela separate da archi. Numerose cappelle, non molto profonde, si aprono sui fianchi esterni delle navate laterali. Punto nevralgico dell'edificio è il transetto, ossia il corpo architettonico che interseca perpendicolarmente all'altezza del presbiterio la navata centrale secondo la tradizione ligure e che è sormontato da una grande cupola che poggia su un alto basamento, detto tamburo, di forma ottagonale.